一、大赛背景

近年来，各国高度重视计算生物学发展，尝试利用计算生物学方法和技术破解生物医药行业的难题。上海作为生物医药科技创新实力最强、活力最足的区域之一，需要配置核心要素资源、吸引全球人才、抢占制高点，实现计算生物学高质量发展，用AI赋能生物医药科技创新和产业发展。为进一步推动计算生物学发展，落实《上海市计算生物学创新发展行动计划（2023-2025年）》，拟连续举办上海国际计算生物学创新大赛，吸引国内外高校、科研院所、企业和个人积极参与，通过大赛遴选人才和项目，构建人才和项目蓄水池，力争做成在AI赋能生命科学领域有影响力的国际大赛。

2025上海国际计算生物学创新大赛基于HCAR1的已知蛋白序列和结构等信息，通过AI计算从小分子（乳酸受体拮抗剂）和大分子（乳酸受体特异性抗体）双路径筛选潜在药物候选分子，结合湿实验验证其特异性与活性，加速HCAR1靶点药物的发现与临床转化，推动AI技术在药物研发中的实际应用。

二、大赛目的

通过大赛，构建“技术创新-药物发现-成果转化”的全链条创新体系，发挥上海在临床资源与计算生物学的双重优势，助力具有国际竞争力的原创靶点成药，为科技创新和产业升级注入新动能。遴选吸引全球计算生物学相关领域优秀人才，强化学科交叉、交流创新前沿、挖掘场景需求、迸发创新火花，提升上海计算生物学综合实力和竞争力。打造“上海国际计算生物学创新大赛”国际化品牌，提升上海计算生物学国际影响力。营造创新应用转化生态，聚焦创新前沿和应用场景及其解决方案，建立以赛代评、以赛选人机制，吸引更多创新、产业和资本资源加入，形成资源对接网络，推动算法、软件和结构等原研原创技术产品落地。

三、参赛对象

1、参赛对象：大赛面向全球社会各界开放，不限年龄、国籍，各高等院校、科研单位、企事业单位、个人等均可登录官网报名参赛。

2、报名要求：全体参赛团队成员须在本平台完成报名并组队，报名时需提供所有成员的个人基本信息，并通过实名认证即可参赛。

3、组队要求：每位参赛者仅可组建或者加入一支参赛团队，原则上不允许更换队伍；每支参赛团队限定1-5人。由队长在大赛平台<我的团队>创建队伍（团队名称由队长自行拟定），其他全部队员搜索团队名称加入。参赛选手需在报名截止日期前完成组队。

说明：

1、参与赛题谋划和大赛组织的相关人员不得参赛。

2、参赛账号仅限参赛者本人使用，不得将其以任何形式向第三方转让、出租、出借、出售、披露、泄露等。

3、参赛者有义务保证账号信息的真实性和有效性，因信息无效或错误造成的后果由参赛者自行承担。

4、参赛者对参赛账号的使用自行承担责任，遭遇安全问题（如账号遗失、被盗、被未授权使用等）时应立即通知组委会。

四、赛题与数据

1、赛题简介：

2025年2月4日，华东师范大学生命科学学院卢伟强研究员和刘明耀教授研究团队在Nature Immunology上发表文章，率先揭示G蛋白偶联受体（GPCR）家族成员HCAR1通过感知乳酸信号驱动肿瘤免疫逃逸的新机制，并系统阐明乳酸受体HCAR1抑制剂在肿瘤免疫治疗中的潜在应用价值。

G蛋白偶联受体（GPCR）家族的重要成员——羟基羧酸受体1（HCAR1）是潜在的抗肿瘤药物创新靶标，开发高效特异的HCAR1药物分子成为极具价值的药物研发新方向。作为一类典型的细胞膜表面受体，HCAR1能够特异性识别乳酸分子，并介导下游信号传导通路，在能量代谢调控、免疫炎症反应等关键生理过程中扮演核心角色。最新的研究表明，HCAR1信号通路的异常激活与代谢紊乱以及肿瘤发生发展等多种病理过程密切相关。例如，HCAR1异常活化能够增强免疫抑制性细胞募集，从而抑制抗肿瘤免疫反应，驱动肠癌等多种肿瘤的恶性进展。HCAR1异常激活也能通过提高脂肪细胞代谢水平，促进肿瘤诱导的恶质病。

目前，尽管HCAR1作为治疗靶点的重要性日益显现，但针对该受体的高亲和力、高选择性的HCAR1药物分子仍处于研发空白状态。高通量活性测试难度大、三维结构信息缺乏以及存在多个同源受体干扰等因素是导致HCAR1药物分子研发滞后的主要原因。

大赛将基于HCAR1的已知蛋白序列和结构等信息，通过AI计算从小分子（乳酸受体拮抗剂）和大分子（乳酸受体特异性抗体）双路径筛选潜在药物候选分子，结合湿实验验证其特异性与活性，加速HCAR1靶点药物的发现与临床转化，推动AI技术在药物研发中的实际应用。（具体赛题说明见“赛题详情”页面）

2、小分子化合物库：

(1) 本赛题指定化合物库：包含约1000万个化合物及其详细信息（提供化合物库下载链接：化合物库下载.zip），已知活性约2万个分子，其他化合物约1000万个分子（包含商业化合物优选和拓展化合物库）

（建库标准：① 基于结构标准化和哈希索引的方法去重，② 运用RDKIT算法剔除不能识别分子，③ 保存300~600分子量，④ 软件兼容性测试）

(2) 为鼓励原创新药的发现，本次大赛接受参赛团队提交从头生成的全新化合物样品实体。

3、抗体序列库来源：

(1) INDI数据库（http://research.naturalantibody.com）参赛队伍可以从已有数据库中高通量筛选与HCAR1结合的候选抗体或加以改造。

(2) 参赛队伍仅提供抗体序列，无需提供实体。主办方负责所有抗体的表达和活性验证。为统一标准，抗体的编号统一采用IMGT编号方法。

五、赛程安排

大赛包括报名、初赛和决赛三个阶段，小分子（乳酸受体拮抗剂）和大分子（乳酸受体特异性抗体）分开进行评选，比赛赛程节点保持一致：

（一）小分子（乳酸受体拮抗剂）赛程安排：

1、报名（即日起-7月12日23:59:59）

参赛者以个人或组队形式报名（均需创建参赛团队），并在规定时间内提交作品。主办方将于2025年7月25日前公布入选团队和小分子化合物列表。参赛团队需提交的作品包括：

2、初赛（2025年7月25日-10月上旬）

在初赛阶段，主办方对参赛分子进行湿实验验证和评价（小分子初赛实验测试流程与评分规则下载：附件4 小分子初赛实验测试流程与评分规则.pdf）。主办方将于2025年10月，公布晋级决赛的团队名单。初赛包括以下三个环节：

3、决赛（2025年10月中旬）

晋级决赛的5支参赛团队将受邀进行现场答辩，由决赛评委会进行打分，并现场公布各团队的答辩成绩。

主办方将根据湿实验成绩（70%）和答辩成绩（30%）的加权得分，决出一、二、三等奖。

注意：决赛答辩相关要求及评分说明，将于决赛开始前在大赛平台公布，请参赛者及时关注大赛官方信息。

（二）大分子（乳酸受体特异性抗体）赛程安排：

1、报名（即日起-7月12日23:59:59）

参赛者以个人或组队形式报名（均需创建参赛团队），并在规定时间内提交作品。主办方将于2025年7月25日前公布入选团队和小分子化合物列表。参赛团队需提交的作品包括：

2、初赛（2025年7月25日-10月上旬）

在初赛阶段，主办方对参赛分子进行湿实验验证和评价（大分子初赛实验测试流程与评分规则下载：附件6 大分子初赛实验测试流程与评分规则.pdf）。主办方将于2025年10月，公布晋级决赛的团队名单。初赛包括以下三个环节：

3、决赛（2025年10月中旬）

晋级决赛的5支参赛团队将受邀进行现场答辩，由决赛评委会进行打分，并现场公布各团队的答辩成绩。

主办方将根据湿实验成绩（70%）和答辩成绩（30%）的加权得分，决出一、二、三等奖。

注意：决赛答辩相关要求及评分说明，将于决赛开始前在大赛平台公布，请参赛者及时关注大赛官方信息。

六、大赛交流

如您对本届大赛有任何疑问，可通过以下方式联系我们：

方式一：添加官方微信小助手（※请所有参赛队长务必添加小助手）

微信扫描二维码添加“大赛小助手”微信账号。添加后回复“上海计算生物学大赛”，进行咨询。

方式二：发送邮件

电子邮箱：SICBC@yicai.com

邮件主题建议包含“大赛咨询”字样，以便识别。

重要提示：

1、咨询接待时间为工作日（周一至周五）9:30-18:00。在此期间发送的咨询信息，我们将尽快处理并回复；

非工作日（含节假日）或工作日 9:30前和18:00 之后发送的咨询，将于下一个工作日处理并回复。

2、为提高沟通效率并确保信息准确，请务必在沟通时清晰注明您的姓名、团队名称及联系方式（如手机号码）等报名信息。

该信息将仅用于组委会内部身份核对及事务处理。

3、上述指定的微信账号和电子邮箱均为本届大赛的官方联络渠道，由第一财经统一运营管理。

请留意识别，谨防假冒。

七、组织机构

1、指导单位：上海市科学技术委员会

2、主办单位：上海市生物医药科技产业促进中心

3、联合主办单位（简称）：复旦大学、华东师范大学、中国科学院上海药物研究所、近岸蛋白、恒瑞医药、上海国投先导、国泰海通、智药邦、中国电信、一财万项

4、承办单位：上海生物医药公共技术服务有限公司、上海市生物医药产业技术功能型平台

5、支持单位：上海泰坦科技股份有限公司 

八、其他说明

若出现以下情况，将视为违规，大赛组委会有权取消参赛团队的参赛资格：

1、参赛报名信息虚假，或不符合大赛报名及组队要求的参赛者/参赛团队；

2、参赛作品涉嫌抄袭，侵犯他人知识产权等行为；

3、参赛期间或参赛作品被发现或被举报认定存在的其他违法、违规行为；

4、大赛数据：组委会仅授权参赛人员使用本次大赛提供的数据进行模型训练工作，参赛人员不得将本次比赛的提供的模型训练数据用于任何商业用途；

5、比赛知识产权相关说明参考本页面底部附件《知识产权约定》。

本届大赛规程最终解释权归大赛组委会所有。

>>>点击进入云资源领取操作文档<<<

本次大赛为参赛团队提供了云资源算力及相关操作文档，资源有限，先到先得。

【赛前必读】

一、赛题背景

2025年2月4日，华东师范大学生命科学学院卢伟强研究员和刘明耀教授研究团队在Nature Immunology上发表文章，率先揭示G蛋白偶联受体（GPCR）家族成员HCAR1通过感知乳酸信号驱动肿瘤免疫逃逸的新机制，并系统阐明乳酸受体HCAR1抑制剂在肿瘤免疫治疗中的潜在应用价值。

G蛋白偶联受体（GPCR）家族的重要成员——羟基羧酸受体1（HCAR1）是潜在的抗肿瘤药物创新靶标，开发高效特异的HCAR1药物分子成为极具价值的药物研发新方向。作为一类典型的细胞膜表面受体，HCAR1能够特异性识别乳酸分子，并介导下游信号传导通路，在能量代谢调控、免疫炎症反应等关键生理过程中扮演核心角色。最新的研究表明，HCAR1信号通路的异常激活与代谢紊乱以及肿瘤发生发展等多种病理过程密切相关。例如，HCAR1异常活化能够增强免疫抑制性细胞募集，从而抑制抗肿瘤免疫反应，驱动肠癌等多种肿瘤的恶性进展。HCAR1异常激活也能通过提高脂肪细胞代谢水平，促进肿瘤诱导的恶质病。

目前，尽管HCAR1作为治疗靶点的重要性日益显现，但针对该受体的高亲和力、高选择性的HCAR1药物分子仍处于研发空白状态。高通量活性测试难度大、三维结构信息缺乏以及存在多个同源受体干扰等因素是导致HCAR1药物分子研发滞后的主要原因。

大赛将基于HCAR1的已知蛋白序列和结构等信息，通过AI计算从小分子（乳酸受体拮抗剂）和大分子（乳酸受体特异性抗体）双路径筛选潜在药物候选分子，结合湿实验验证其特异性与活性，加速HCAR1靶点药物的发现与临床转化，推动AI技术在药物研发中的实际应用。

二、赛题目标

基于HCAR1及相关靶点已知的蛋白序列以及结构等信息，通过发展和优化AI计算方法并结合湿实验验证，发现高活性、高选择性的HCAR1药物分子，以推动计算生物学在创新药物研发中的转化应用。

三、药物分子来源

（一）化合物来源

1．指定化合物库：

包含约1000万个化合物及其详细信息（提供化合物库下载链接：化合物库下载.zip），已知活性约2万个分子，其他化合物约1000万个分子（包含商业化合物优选，和拓展化合物库）

（建库标准：(1) 基于结构标准化和哈希索引的方法去重，(2) 运用RDKIT算法剔除不能识别分子，(3) 保存300~600分子量，(4) 软件兼容性测试）

2．可能的训练用抗体序列库来源：

INDI数据库（http://research.naturalantibody.com）参赛队伍可以从已有数据库中高通量筛选与HCAR1结合的候选抗体或加以改造。

（二）鼓励参赛队伍提供化合物：为鼓励原创新药的发现，本赛事接受参赛队伍提供从头合成的全新化合物样品。

（三）蛋白序列：本赛题已限定靶点的蛋白序列。

（四）蛋白结构：可参考已报道的HCAR1结构（PDB ID：9J8Z, 9IZD），也可进行同源建模等结构预测。

四、作品提交

时间期限：即日起 – 2025年7月12日23:59:59

赛事要求每个参赛团队必须使用自建的AI计算模型参与比赛，在大赛平台“提交作品”页面提交所有作品材料：

（一）方案摘要：团队在报名后，提交不超过1页的拟开展方案摘要（摘要模板下载：附件1 拟开展方案摘要模板.docx、评分标准下载：附件2 摘要评分规则.pdf）。

（二）参赛分子：参赛团队使用自建的AI计算模型参与比赛，每个库提交100个参赛分子，需分别按预测得分由高到低排序（作品提交模板下载：附件3 初赛作品提交模板.docx）。

（三）源代码模型：主办方鼓励参赛团队提供可复现参赛分子的源代码模型，以及必要的介绍性文件（模型/代码的原理、代码使用说明等）。如参赛队伍入围比赛，则必须提交源代码。

注意事项：

1. 对于小分子化合物，参赛团队所提交的参赛分子，若源于赛事指定化合物库，则由主办方购买或定制（如遇到无货/货期长/无法合成等不可控因素，则顺延至下一个分子）；若为参赛团队从头生成的全新化合物样品实体，则由参赛团队寄送给主办方（于2025年7月15日前，10 mg），并同步提交参赛分子相关的表征材料（包括化合物的结构式、氢谱、碳谱、高分辨质谱、HPLC纯度等）。

2.  对于抗体，参赛队伍仅提供抗体序列，无需提供实体。主办方负责所有抗体的表达和活性验证。为统一标准，抗体的编号统一采用IMGT编号方法，且抗体的结合表位限定在 HCAR1 受体的细胞外结构域。

3. 若同一分子被多个团队提交，原则上该分子属于提交时间优先的团队，主办方将从数量上保证每支参赛团队至少有5-10个互不重复的分子进入初赛。

4. 本赛题允许使用开源数据和开源代码作为基础，但要求有明确的创新要素；参赛团队（若提交源代码）需要注明开源数据与开源代码或参考模型的出处。

五、评分标准

      （一）小分子评分标准：

主办方将依据参赛团队所提交的方案摘要，筛选出不超过100支团队进入比赛。参赛团队的最终得分由初赛得分（湿实验成绩占70%）和决赛得分（答辩成绩占30%）加权求和，根据最终得分生成最终排名。初赛（小分子评分规则下载：附件4 小分子初赛实验测试流程与评分规则.pdf，小分子实验筛选流程：附件5 小分子实验筛选流程图.pdf）和决赛（评分规则：附件8 决赛评分规则.pdf）的评分规则如下：

1．初赛评分：参赛分子将经过“入围-初评-复审”三个环节的湿实验验证，各个环节的评比规则如下：

（1）入围：主办方将根据参赛团队所提交分子的优先级，选择每支团队不少于10个分子，进行基于Glosensor cAMP的高通量筛选（共计约1000个分子），并对筛选结果按照拮抗活性进行排序，取前100个分子入围比赛。

（2）初评：主办方对入围分子，进行基于Glosensor cAMP的多浓度筛选，并对筛选结果按照拮抗活性进行排序，取排名前10支团队的分子进入复审环节。优先保证排名前10的分子所属团队进入复审环节（每个团队不超过3个分子），再按差额补齐原则保证共有10支团队进入复审环节（差额补齐团队各限1个分子）。

（3）复审：

阶段一（拮抗活性评价）：主办方对进入复审环节的分子，基于HTRF cAMP实验评价其对HCAR1的IC₅₀，并获得相应的得分。取得分排名前5支团队的分子进入复审阶段二（每个队伍限1个分子），该5支团队同时晋级决赛。

阶段二（选择性评价）：主办方对进入本阶段的参赛分子，利用HTRF cAMP实验测试其对其他GPCR家族成员（包括HCAR2等）的 IC50值，并获得相应的得分。依据评分细则，最终生成各参赛团队的湿实验成绩。

2．决赛评分

晋级决赛的5支参赛团队将受邀进行现场答辩，由决赛评委会进行打分，并现场公布各团队的答辩成绩。

（二）大分子评分标准：

主办方将依据参赛团队所提交的方案摘要，筛选出不超过50支团队进入比赛。参赛团队的最终得分由初赛得分（湿实验成绩占70%）和决赛得分（答辩成绩占30%）加权求和，根据最终得分生成最终排名。初赛（大分子评分规则下载：附件6 大分子初赛实验测试流程与评分规则.pdf，大分子实验筛选流程：附件7 大分子实验筛选流程图.pdf）和决赛（评分规则：附件8 决赛评分规则.pdf）的评分规则如下：

1．初赛评分：参赛分子将经过“入围-初评-复审”三个环节的湿实验验证，各个环节的评比规则如下：

（1）入围：主办方将根据参赛团队所提交分子的优先级，每支团队选择不少于5个分子进行筛选，主办方将对抗体进行表达量的初筛，只有表达量满足条件的抗体能进入后续的基于Glosensor cAMP的高通量筛选。根据Glosensor cAMP的高通量筛选结果，按照拮抗活性对抗体进行排序，取前50个分子入围比赛。

（2）初评：主办方对入围的抗体先进行基于流式细胞术的特异性结合验证，确保抗体能特异性结合HCAR1受体。随后对通过特异性结合验证的抗体进行基于Glosensor cAMP的多浓度筛选，并将筛选结果按照活性进行排序，取排名前10支团队的分子进入复审环节。优先保证排名前10的分子所属团队进入复审环节（每个团队不超过3个分子），再按差额补齐原则保证共有10支团队进入复审环节（差额补齐团队各限1个分子）。

（3）复审：

阶段一（拮抗活性评价）：主办方对进入复审环节的分子，基于HTRF cAMP实验评价其对HCAR1的IC₅₀，并获得相应的得分。取得分排名前5支团队的分子进入复审阶段二（每个队伍限1个分子），该5支团队同时晋级决赛。

阶段二（选择性评价）：主办方对进入本阶段的参赛分子，利用HTRF cAMP实验测试其对其他GPCR家族成员（包括HCAR2等）的IC₅₀值，并获得相应的得分。依据评分细则，最终生成各参赛团队的湿实验成绩。

2．决赛评分：晋级决赛的5支参赛团队将受邀进行现场答辩，由决赛评委会进行打分，并现场公布各团队的答辩成绩。

【奖项设置和获奖权益】

拟在2025上海国际生物医药产业周期间，举办大赛颁奖仪式（请随时关注大赛官网通知），主办方将为获奖团队颁奖，并提供相关获奖权益。奖项设置及获奖权益如下：

（一）奖项设置：

（1）小分子（乳酸受体拮抗剂）赛道奖金：

1、一等奖（1支团队）：

奖金10万，颁发获奖证书。

2、二等奖（2支团队）：

每支队伍奖金3万，颁发获奖证书。

3、三等奖（2支团队）：

每支队伍奖金2万，颁发获奖证书。

4、优胜奖（5支团队）：

每支队伍奖金1万，颁发获奖证书。

（2）大分子（乳酸受体特异性抗体）赛道奖金：

1、一等奖（1支团队）：

奖金10万，颁发获奖证书。

2、二等奖（2支团队）：

每支队伍奖金3万，颁发获奖证书。

3、三等奖（2支团队）：

每支队伍奖金2万，颁发获奖证书。

4、优胜奖（5支团队）：

每支队伍奖金1万，颁发获奖证书。

（二）获奖权益：

1、择优推荐。获奖项目优先获得上海市科委科技创新行动计划“计算生物学”专项支持。

2、场景合作。通过主办相关会议、媒体宣传等方式，做好优胜产品推介、市场验证和应用场景落地示范。支持获奖项目参与上海“小巨人”中小企业梯度培育，获奖企业优先参与应用场景的算法标准编制、研究咨询报告发布。

3、成果转化。获奖项目优先对接国内领先的证券、基金等资源，推动优秀项目投资转化落地。

4、学术论文发表。支持比赛结果与相关分析发表于同行评议的学术期刊。

说明：

1、奖金为税前奖金，主办方将按照相关税收政策完税后发放给参赛团队；

2、同一支参赛团队如果推荐了多个获奖分子，则只考虑奖项最高的分子予以授奖，即不同奖项不可兼得，例如获得“一等奖”的参赛团队所推荐的其余分子不可再兼得“优胜奖”。

3、鉴于赛程中可能出现不可控因素（如参赛分子的活性、分子购买周期等），主办方有权在比赛过程中按实际情况调整赛事规则，最终解释权归主办方所有。

一、比赛资源

大赛为参赛团队提供1份价值2000元的云资源代金券（数量有限，先到先得）。

每队最低配置标准：

o计算资源：CPU 6核 | 内存 30GB

oGPU资源：oNVIDIA-A10*1

o存储资源：100GB

o使用建议：请各队根据课题需求合理规划算力使用进度

o算力申请截止时间：7月10日23:59:59

o算力使用期限：7月12日23:59:59（同大赛报名截止时间）

注意：

本次赛事以团队为单位，比赛资源需由队长申请，仅为团队中一名成员发放云资源代金券，选手确认组队后请勿更换。

二、可选镜像参考

vnc | 纯净镜像 | ubuntu:20.04 仅有ubuntu桌面的纯净VNC镜像

jupyter | cuda:12.1 | pytorch:2.3.1 模型开发框架

vscode网页版 | pytorch:2.3.1 | cuda:12.1 网页版Vscode的模型开发框架

三、算力资源申请流程

1. 申请流程

2.  申请邮件示例

主题：2025计算生物学大赛算力资源申请

发送邮箱：

luqq4@chinatelecom.cn

hexy10@chinatelecom.cn

正文：

我方为2025计算生物学大赛参赛队伍 [队伍名称]，

现申请算力资源用于大赛研究。

申请人信息：

- 队长姓名：

- 队长手机： 

- 邮箱：

（注意不能使用注册过天翼云账号的邮箱）

- 镜像：见可选镜像参考

请予以审批。

备注：

1. 最低开通A10规格，按当前资源并发情况进行开通。

2. 若信息不完善，算力资源管理专员会邮件回复确认，开通完毕后会邮件进行反馈。

四、相关材料

1. 算力资源平台入口链接：天翼云息壤-科研助手 

https://www.ctyun.cn/products/batchcompute

2. 算力平台的用户使用手册：

 https://www.ctyun.cn/document/10097674/%E7%94%A8%E6%88%B7%E6%8C%87%E5%8D%97

3. 如有疑问，请联系算力平台保障人员

· 鹿青青 13817243557

· 何小玉 19117234478